Dans la seconde moitié du XVe siècle arrivent de nouveaux migrants musulmans dans le sud-est de Madagascar. Ils apportent avec eux des livres écrits en arabe, contenant un savoir magico-religieux. Au début du siècle suivant, ils fondent le royaume antemoro.
Ce sont ces populations islamisées qui introduisent l'écriture arabico-malgache à Madagascar. Cette connaissance ne va cependant pas rester cantonnée au sud-est de l'île mais va conduire deux royaumes à coopérer : celui de cette région antemoro et celui de la capitale, Antananarivo, où règne alors le roi Andrianampoinimerina (1798-1810). Afin d'assurer son travail de secrétariat, de l'aider dans la gestion de son royaume, de moderniser celui-ci mais aussi d'utiliser leurs connaissances magiques pour renforcer son pouvoir sacré, le roi Andrianampoinimerina fait en effet venir quelques scribes antemoro à sa cour d'Antananarivo.
Durant son règne, le roi Radama 1er,fils d'Andrianampoinimerina, va poursuivre cette collaboration et faire également appel à quelques scribes antemoro. Ils viennent à Antananarivo l'aider dans son travail de gouvernement. Ils utilisent l'écriture arabico-malgache dans les lettres diplomatiques, ils transcrivent des traités internationaux en arabico-malgache.
Cependant, le roi Radama 1er, qui occupe une place majeure dans l'évolution politique et intellectuelle malgache, souhaite moderniser le royaume de Madagascar. Érudit et maîtrisant tout à la fois l'écriture arabico-malgache et l'écriture latine, il décide que le malgache sera transcrit en caractères latins. Pour ce faire, il s'entoure des premiers lettrés malgaches, de quelques missionnaires et aventuriers français et anglais. Les règles de l'orthographe en écriture latine sont définies en 1823. L'enseignement de la lecture et de l'écriture en caractères latins est assuré grâce à l'ouverture d'écoles primaires.
Cependant, la connaissance de l'écriture arabico-malgache et des savoirs transmis par les manuscrits n'est pas pour autant perdue. Elle reste encore vivante de nos jours mais confidentielle.